本校設有藥理、民生、環境永續、休閒暨健康管理、人文暨資訊應用等五大學院及多個產業發展中心，發展目標緊扣行政院推動的六大新興產業之範疇：生物技術(藥理學院)、精緻農業(民生學院)、綠色能源 (環境永續學院)、觀光休閒及醫療照護(休閒暨健康管理學院)、文化創意(人文暨資訊應用學院)等。利用專業軟硬體設備協助企業在大環境的競爭上得到充足之人力、研發、產學合作及輔導能量，現有專任教師近510人，助理教授以上師資約佔90%，博士師資約佔 65%，多數擁有實務經驗，研究人力豐沛。
藥理學院
藥學群組研究團隊、醫藥化學群組研究團隊、化粧品群組研究團隊、生物科技群組研究團隊等。
民生學院
保健食品資源開發研究團隊、食品加工技術團隊、應用微生物及發酵食品團隊、生物資源應用與分析團隊、營養教育與公衛調查研究團隊、專業管家產學合作研發團隊、幼兒音樂節奏師資培育團隊等。
環境永續學院
安全衛生與防災研發團隊、振動暴露及危害研究團隊、固相微萃取技術研究團隊、人因工程應用研究團隊、土壤與底泥污染整治研究團隊、高級淨水技術研究團隊、空氣污染與控制研究團隊、人工溼地暨生態技術研究團隊、環境賀爾蒙研究團隊、薄膜技術研究團隊、資源回收利用技術研究團隊、綠色生活裝置研發團隊、環境與生態調查研究團隊、綠色設計管理研究團隊、溫泉開發與應用研究團隊等。
休閒暨健康管理學院
休閒保健研究團隊、臺灣休閒產業發展中心研究團隊、觀光事業研究團隊、運動管理研究團隊、醫務管理研究團隊、老人服務事業管理群組研究團隊等。
人文暨資訊應用學院
應用外語研究團隊、社會工作研究團隊、文化創意研究團隊、數位內容研究團隊等。
本校現有25個專門科系，專任教師近510人，專精於藥粧科技、食品保健、生物科技、環境科技、餐旅管理、健康觀光、運動休閒、空間科技、文化創意、數位內容、職業安全、GMP輔導等各項領域。
各進駐企業均配置輔導教師1-2名，由本校藥理、民生、環境永續、休閒暨健康管理、人文暨資訊應用等五大學院及通識教育中心具該產業專長之教師擔任，除提供育成輔導服務外，亦可進行產學合作或技術移轉等，提供進駐企業客製化的服務。
本校提供企業之諮詢服務，服務機構含資訊科技公司、管理顧問公司、專利商標法律事務所、會計師事務所、台南各屆協會等，對企業各方面之營運管理需求提供專業之諮詢服務。目前專業諮詢服務機構顧問如下所示：
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