為有效運用師資設備及學術資源，加強與政府及產業界技術交流，特設置研究發展處，負責推動全校學術研究發展，並落實學生校內外實習及就業輔導，力求學生學能與業界結合。再者，孕育具有潛力之中小企業或個人開創新技術，以促進產業升級及區域經濟之蓬勃發展。研發處秉持「產業提出需求，學界研究解決」之原則運作，進而達成「研發領航，嘉藥翱翔」之終極目標。為推動上開業務，本處轄下設有研究及產學合作組、實習就業組及創新育成中心等三個單位。
研發處統籌規劃與推動全校研究中心產學研究發展等相關事務，協助中心主任推動各項處務；轄下設有一級研究中心包含有食藥粧分析檢測中心、職業健康與環境檢測中心、台灣溫泉研究發展中心、環境產學合作中心、智慧健康產業技術研發與人才培育中心等五個中心。各中心置主任一人及研究團隊成員若干人，進行研究檢測各項事宜與執行研究中心相關業務。
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