嘉藥現有藥理、民生、人文暨資訊應用、環境永續、休閒暨健康管理等5大學院，共計23個系（含碩士班）、3個學位學程及1個獨立研究所。在教學上注重培養理論與實務並重之專業人才，強化學生外語能力、資訊能力、專業證照、人文藝術素養及群體關懷，孕育多元的國際觀與人生觀。同時積極與產業界交流，提供學生優質的實習環境及就業機會。

藥理學院 College of Pharmacy & Science

• 藥學系(含碩士班)
• 生物科技系(含碩士班)
• 食藥產業暨檢測科技系(原醫藥化學系)
• 化粧品應用與管理系(含化粧品科技碩士班)
• 藥用植物與保健應用學士學位學程
• 藥粧生技產業系(原藥粧生技產業學士學位學程)
• 中草藥健康促進產學中心
• 機能性化粧品開發與評估研究中心
• 新藥創建研究中心

民生學院 College of Human Ecology

• 食品科技系
• 嬰幼兒保育系
• 保健營養系(含碩士班)
• 生活保健科技系(原生活應用與保健系)
• 餐旅管理系
• 嬰幼兒發展中心

人文暨資訊應用學院 College of Humanities & Applied Information

• 社會工作系
• 應用外語系
• 資訊管理系
• 多媒體與遊戲發展系
• 智慧健康數位服務學士學位學程
• 智慧網路應用科

環境永續學院 College of Sustainable Environment

• 職業安全衛生系(含產業安全衛生與防災碩士班)
• 環境工程與科學系(含碩士班)
• 環境資源管理系(含碩士班)
• 應用空間資訊系(含空間與環境資訊科)
• 公共安全及消防系(含五專部)

休閒暨健康管理學院 College of Recreation & Health Management

• 休閒保健管理系(含碩士班)
• 觀光事業管理系(含溫泉產業碩士班)
• 運動管理系
• 醫務管理系(含碩士班)
• 高齡福祉養生管理系
• 高齡產業發展中心

通識教育中心 Center of General Education

附設幼兒園 Affiliated Preschool