校徽

1. 嘉南藥大為『嘉南藥理大學』之簡稱。
2. 六角形圖案是有機化合物「苯」的化學結構。現代醫學使用的許多藥物都是由「苯」的衍生物合成而來，所以用苯的化學結構來代表「現代藥學及相關科學」。
3. 梅花是中華民國國花，葉片代表藥用植物。傳統中藥大多取材於藥用植物，所以取藥用植物的意象來代表「傳統中藥及相關科學」。
4. 校徽整體象徵嘉藥以現代藥學為核心，追求中國傳統藥學之突破，進而邁向「全人健康服務」的終極教育目標。

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校訓

「真」－鼓勵青年學子要努力不斷追求科學真理，實現真善美人生。

「實」－腳踏實地做學問、學做人，追求人生理想。

校歌

嘉南藥理大學校歌：王趁/作詞 蔡誠絃/作曲 工藤仁志/編曲
歌詞：古都勝地 雙溪之濱 宏開嘉南 日日新 陶鑄藥業專才 培育德智體群 鑽研學問務求真 博愛為懷救世人 立大志 敦品行 為校爭光 窮理生化 創造發明 富國利民 發揚我校精神